Государственный музей истории религии был образован 26 апреля 1931 года в системе Академии наук СССР на основании решения Секретариата ЦИК СССР, котрому предшествовало решение Президиума АН СССР от 7 сентября 1930 года. Инициатором создания Музея и его первым директором был выдающийся российский историк религии, этнограф и антрополог В. Г. Богораз-Тан (1865–1936). В основу коллекций нового музея были положены экспонаты из собраний Музея антропологии и этнографии им. Петра Великого (Кунсткамера), Государственного Эрмитажа, Библиотеки Академии наук и Государственного Русского музея, использовавшиеся в антирелигиозной выставке, созданной сотрудниками Академии наук в залах Зимнего дворца в Ленинграде в апреле 1930 года.

15 ноября 1932 года Музей был торжественно открыт в здании Казанского собора.